Primäre Aufgabe und Ziel des Ordens, war der Schutz von Pilgern, die nach dem ersten Kreuzzug Palästina besuchen wollten. Um dieses zu tun, wurden sie vom Papst bestätigt und auf dem Konzil von Troyes wurden ihnen 1128 strenge Regeln und Gebote auferlegt, die der Klosterregel der Zisterzienser nachgebildet waren. Die Ritter des Ordens, die Tempelritter, wurden von einem Großmeister angeführt. Unter diesem bestanden drei Rangfolgen : Ritter, Kapläne und dienende Brüder. Nur die Tempelritter selbst durften die Ordenstracht, einen weißen Mantel mit achtspitzigem rotem Kreuz auf der linken Brustseite, tragen.

Der Templerorden entwickelte sogar ein gut funktionierendes Banksystem, da sie regelmäßig Geld oder andere wertvolle Güter von Europa nach Palästina transferierten, welches auch von europäischen Herrschern und Adleshäusern in Anspruch genommen wurde.

Die Ordensmitglieder des Johanniterordens mussten ein Gelübde der Armut, der Ehelosigkeit und des Gehorsams abgeben und gaben das Versprechen, für “Tuitio Fidei et Obseguium Pauperum”, “Schutz des Glaubens und Hilfe den Bedürftigen”, einzustehen. Daduch enstanden Herbergen mit Krankenstationen entlang der Pilgerwege und Kreuzfahrtrouten von Europa nach Palästina.

Darüber hinaus schworen die Ordensbrüder Jerusalem gegen die Muslime zu verteidigen. Gerard, erstes Oberhaupt des Ordens, erhielt den Titel eines Rektors, die Führer nannte man Großmeister.

Neben den caritativen Aufgaben enstanden nun auch militärische Arbeiten, und somit wurden die Ordensbrüder bewaffnet und es kam zu einer Symbiose von Mönchskutte und Rüstung, vom Mönchtum zum Rittertum.

Im Jahre 1187 eroberte Sultan Saladin Jerusalem und die Johanniter wurden aus Akko vertrieben. Diese eroberten dann, nach einem Zwischenaufenthalt auf Zypern 1309 die zu Byzanz gehörende Insel Rhodos. Dort errichtete der Orden sein Hauptquartier und schuf dort einen souveränen Territorialstaat mit dem Großmeister als Oberhaupt. Eine perfekt ausgestattete und vorbildlich geführte medizinische Versorgung wurde eingerichtet.

Damit die Muslime nicht in den Mittelmeerraum vordrangen, bauten die Johanniter eine gewaltige Festung und eine mächtige Flotte auf.

1312 gingen auch die Besitztümer der Templer auf die Johanniter über, die nun zumeist unter der Bezeichnung Rhodiner auftraten und nationale Unterabteilungen, so genannte "Zungen" bildeten.

Als der osmanische Herrscher Süleiman I., "der Prächtige", 1522 die Insel Rhodos eroberte, waren die Ritter heimatlos, bis Kaiser Karl V. sie 1530 mit der Insel Malta belehnte. Nun nannten sich diese Ordensmitglieder Malteserritter.

Seit 1153 waren auch in Deutschland die ersten Kommenden des Johanniterordens entstanden; es folgten Spitäler, u. a. in Freiburg im Breisgau, wo sich 1248 auch das spätere Großpriorat Deutschland etablierte, bis es 1505 ins benachbarten Heitersheim verlagert wurde.

Ab 1318 entstand die Balley Brandenburg mit dem späteren Sitz in Sonnenburg bei Küstrin. Durch den Vergleich von Heimbach von 1382 erhielt diese Balley innerhalb des Großpriorates weitgehende Autonomie. Um 1540 folgte die Balley dem Kurfürsten Joachim II. von Brandenburg und trat zur Lehre Martin Luthers über. Trotz dieses Übertritts gehört die Balley weiterhin zum Großpriorat und damit zum Gesamtorden. Als Folge der Napoleonischen Kriege wurde 1806 das Großpriorat und 1810 durch das preußische Säkularisationsedikt auch die Balley aufgehoben. Doch 1852 kam es zur Wiedererrichtung der Balley durch König Friedrich Wilhelm IV. von Preußen und acht rechtmäßige Ordensritter, die noch vor der Aufhebung vom damaligen Herrenmeister den Ritterschlag erhalten hatten.

1854 bestätigt der Statthalter des Gesamtordens in Rom die "Wiedererrichtung der Balley Brandenburg des Ordens des HI. Johannes zu Jerusalem" und die Wahl des neuen, des 32. Herrenmeisters. Damit wurden für die beiden konfessionsverschiedene Ordenszweige eine gemeinsame Grundlage in Auftag und Ziel gefunden. 

1226 bat Herzog Konrad von Masowien den Deutschen Orden unter seinem Hochmeister Hermann von Salza um Hilfe gegen die heidnischen Pruzzen (Preußen) und überließ ihm dafür das Culmer Land (nach Kulm, heute Chelmno) in Ostpreußen. Kaiser Friedrich II. ermächtigte den Orden 1226 in der Goldbulle von Rimini, das heidnische Gebiet im Norden zu erobern, die Bewohner zu bekehren und selbst die Herrschaft in dem eroberten Gebiet auszuüben. Damit war die Grundlage für den Deutschordensstaat geschaffen.

Bis 1280 hatte der Orden die Pruzzen besiegt; daneben konnte er sich dank seiner Vereinigung mit dem Schwertbrüderorden 1237 in Livland festsetzen, 1308 erwarb er Pomerellen mit Danzig, 1346 Estland, 1398 Gotland, und mit dem Erwerb der Neumark 1402 hatte das Territorium des Ordens seine größte Ausdehnung erreicht. 1309 verlegte der Orden den Sitz seines Hochmeisters von Venedig, wo er seit 1291 residierte, nach Marienburg in Westpreußen.

Als die Christianisierung des Baltikums abgeschlossen und die Missionsaufgabe des Deutschen Ordens erfüllt war, geriet der Orden zunehmend in Gegensatz zu Polen, das in Personalunion mit Litauen, wo der Deutsche Orden nie hatte Fuß fassen können, verbunden war. 1410 unterlag das Ordensheer bei Tannenberg einem polnisch-litauischen Heer, und der Orden musste im 1. Thorner Frieden von 1411 Gebietsverluste hinnehmen. Nach einer langwierigen Auseinandersetzung mit den preußischen Ständen, die von Polen unterstützt wurden, musste der Orden im 2. Thorner Frieden von 1466 die Pomerellen mit Danzig, Marienburg, das Culmer Land und das Ermland an Polen abtreten und die Oberhoheit des polnischen Königs über das restliche ostpreußische Ordensland anerkennen; der Sitz des Hochmeisters wurde nach Königsberg verlegt.

1525 wandelte der letzte Hochmeister des Ordens, Markgraf Albrecht von Brandenburg-Ansbach, das preußische Ordensland in ein erbliches, säkularisiertes Herzogtum unter polnischer Lehenshoheit um, was von Kaiser, Papst und Deutschmeister jedoch nicht anerkannt wurde.

Im Heiligen Römischen Reich bestand der Orden weiter bis zu seiner Auflösung durch Napoleon 1809. In Österreich wurde er 1834 als "Hoch- und Deutschmeister" wiedergegründet und konzentrierte sich in erster Linie auf Wohltätigkeitsarbeit. 1929 wurden die Hoch- und Deutschmeister in einen rein geistlichen Orden umgewandelt, von 1938 bis 1945 war der Orden verboten, 1945 wurde er in Österreich und der Bundesrepublik wiederbelebt.

Intern bildete sich der Orden folgendermaßen :

An der Spitze des Deutschen Ordens stand der Hochmeister, der jeweils auf Lebenszeit gewählt wurde. Neben ihm standen fünf Großgebietiger : der Großkomtur, welcher die Funktion des Statthalters einnahm, der Marschall mit Zuständigkeit für das Heerwesen, der Tressler, welcher als Schatzmeister diente, der Trapier in Verantwortung für die Ausrüstung und schließlich der Spittler als Leiter des Hospitalwesens.

Neben diesen gab es mehrere Provinzialobere : den Deutschmeister für die zwölf deutschen Ordensballeien, der seit 1494 Reichsfürst war, und seit 1525 nach der Säkularisierung des Ordensstaates, das Hochmeisteramt verwaltete.

Der Orden setzte sich aus dem Mönchsgelübde verpflichteten Priester- und aus Ritterbrüdern zusammen sowie aus dienenden Halbbrüdern.